Genetik


Genvariation

  • Överkorsning (Homologt kromosompar, kan ske mellan vissa delar av X/Y med).
    • Vid celldelning överkorsar kromosomerna och bidrar till att delar av dem flyttas mellan. Detta medför ökad variation. Kan ske pga det är homologa kromosompar (alltså liknande utseende med vissa gener annorlunda). Stället där det korsas över kallas Chaisma
  • X-kromosom-inaktivering
    • Sker genom metylering. Ena X-kromosomen stängs av hos kvinnor och medför att bara den ena uttrycks. Detta är slumpmässigt från cell till cell och därför kan delar av gener uttryckas och sjukdomar synas lite (moscaism), och inte bara fullt, eller inget.
  • Mitokondriell nedärvning
    • Mitokondrierna ärvs helt av mamman och innehåller också arvsmassa.
  • Uniparentell disomi
    • Fel vid Meiosen och två kromosomer från samma förälder hamnar i samma cell.
    • Uppstår antingen där kromosom ska dela sig i två dotterceller, så går båda kopiorna in i samma cell. Då hamnar 3 kromosomer i samma och då slängs en ut. Vill det sig illa så sparas två kopior.
    • Delningen kan antingen vara i Meios 1 eller Meios 2, alltså när kromosompar delar sig eller när systerkromantid delar upp sig. Trisomi blir det om 3 kromosomer hamnar i samma tillslut, monosomi om bara 1.
  • Imprintning (präglning, tystad)
    • När ena allelen tystas och t.ex. bara mammans allel ger uttryck. Ovanligt och de flesta gener imprintas inte.
  • Anticipation
    • Ett arv som blir värre per generation. Kan debutera tidigare eller få högra expressivitet. Ofta en sekvens som upprepas och växer.
  • Somatisk Moscaicm
    • Bärare av mutation i könsceller utan att själv vara sjuk.
  • Germline Mosaicm
    • När vissa könsceller har en mutation men inte alls, liknande somatisk. Detta gör att vissa barn blir sjuka.

 

Genotyp vs. Fenotyp

Varför en gen inte ger fullt uttryck i fenotypen kan bero på mycket:

  • Den är multifaktoriell och flera faktorer krävs
  • Vi känner inte till alla parametrar som styr en fenotyp
  • Den totala riskfaktorn slår inte över för att den ska ges uttryck
  • Variabel Expressiviteten
  • Penetrans är nedsatt
  • Metylering (X-inaktivering är sådan)
    • Innebär att metylgrupp läggs på baserna i DNA strängen.
    • Delaktig i hur gener regleras men även ge mutationer som cancer.
    • Ju mer metylerad en gen är, ju mindre uttrycker den sig.

Miljöfaktorer - Multifaktoriellt

Utöver de skillnader som kan uppstå i arv finns där miljöfaktorer som spelar in. Detta innebär att gener bara till viss del förklarar och ökar risken för en vis fenotyp. Det krävs en mängd (varierbar från person till person och vilka gener de har) av miljön för att ge utlopp. Kan vara rökning, kön, ålder. 

Svårigheten med multifaktoriellt är att man inte vet exakt hur mycket varje del påverkar och att varje person fungerar olika. Vissa kan röka hela livet utan att få cancer, med andra inte behöver se en cigarett.

Smakkänslighet och bröstcancer påverkar av miljöfaktorer.

 

Gentester (Klink mot Nätet)

Skillnaderna mellan klinik och över nätet är främst rådgivningen och förståelse över vad och hur man ska tolka resultatet. Speciellt med komplexiteten att vissa delar är binära (antingen har man sjukdomen eller ej), medan flesta är multifaktoriella och meddelar en risk i förhållande till generna man har som bas.

Fördelen med gentester är att man kan se om personen har någon sjukdom som kommer bryta ut, diagnostisera en nuvarande, intoleranser osv. Samtidigt kan det förbättra lärdom och läkemedelshantering av personen. Skräddarsy behandling bättre.

Det som testas är SNP (Single Nucleotid Polymorphism) som GWAS (Genome Wide Assosiaction Studie) har kartlagt. Man analyserar några miljoner SNP.

SNP kan, även om de ligger i Introner (icke kodande) delar, påverka uttrycket av gener (Exoner - kodande).

Nättest testar brett medan man inom sjukvården tar det som finns belägg för relevant för testet. Vården kan även ta hänsyn till ålder, kön, rökning osv. Vid födsel görs en del tester för vanliga genetist kända problem.

  

Atypisk - Icke Mendelsk

 Absoluta risken går inte att beräkna, bara relativa genom olika metoder:

  • Empiriskt
    • Baseras på observationer från släkten och samhället. Så kan man jämföra och se hur mycket större/lägre risken är.
  • Odds/Ratio (OR)
    • Man tar: Exponerade/Oexponerade. Test / Kontroll.
    • Skattar den relativa risken:
      • Bland fallen är 85 av 100 exponerade. Oddset för exponeringen bland kontrollerna är därför 35/65
      • Oddskvot = oddset för exponering bland fallen / oddset för exponering bland kontrollerna 
        (85/15) / (35/65) = 10
  • Gentest, Baserat på SNP
    • Får en riskfaktor baserat på vilka gener man bär, i relation till övriga testade och vad man känner till om genomet.

 

Könsceller (Gameter) - variationen

  • Random Assortment
    • Kromosomerna blandas ner i könsceller slumpmässigt. Vilken man får är helt av slump
  • Överkorsning (Rekombinering)
    • När kromosomerna ligger bredvid varandra, innan de går ner i sina könsceller, så delar de DNA med varandra.
  • Nymutation
    • Mutationer kan uppstå i könsceller och följer då med till avkomman.
  • Slumpmässigt vilken spermie som når ägget.

 

Pedigree

  • Dominanta sjukdomar hoppar inte över generation
  • Mammor med X-bundna sjukdomar kan inte få friska pojkar
  • Kvinnor kan inte få Y-bundna sjukdomar

 

Snabbguide för Pedigrees

För att lösa Pedigree kan man använda de 5 möjligheterna som hypoteser

  1. X-bundet dominant
  2. X-bundet recessivt
  3. Autosomalt dominant
  4. Autosomalt recessivt
  5. Y-bundet (sker typ inte, drabbar män och reproduktion ofta)

Om det går att ha flera alternativ, som t.ex. autosomalt recessiv och dominant. Då får man tänka på frågan vad som är mest troligt. Är det en ovanlig sjukdom så är det inte sannolikt att flera andra blivit ingifta som också har sjukdomen. 

  1. Finns det inte i varje generation, är det inte dominant.
    • Alternativt har det inte full penetrans eller är multifaktoriellt.
  2. Har mamman det och inte pojkarna, så måste det vara autosomal
    • Eftersom pojkar får sin X från mamma.

 

Termer

Locus/Loci

En position på kromosom

Kromatid

Ena delen av kromosomen, identisk med andra halvan

Gen

En kodande del på kromosom

Allel

En version av en gen

Genotyp

En genetisk variant

Fenotyp

Det som uttrycks av genotyp och miljöfaktorer

Autosomal

De icke könsbundna

Könsbunden

X/Y kromosomer

Gameter

Könsceller

SNP

 > 1% av befolkning

G  -> C baspar.

Mutation

< 1% i befolkning

Monogen

En gen som styr det

Recessivt

Krävs två för att slå igenom

Dominant

Krävs en för att slå igenom

X-Bundet

Sitter på X-kromosomen

CNV

Copy number variation

Längre dna sekvens (>1000bp) som finns i varierande antal hos individer

Indel

(insert/delete av DNA sekvens) - Ofta en till några nukleotider

Heterozygot

Har en av varje allel

Homozygot

Samma allel på båda kromsomerna

Hemizygot

Har bara en kromosom med allel (X/Y för män)

Genetisk Screening

PKU - Barntesta av monogena sjukdomar som går att behandla. Undersökning av gener.

Genotypning

Med genotyp menar man den kombination alleler man ärvt från sin mamma och pappa. Med genotypning menar man att man analyserar från DNA vilka alleler individen har dvs vilken eller vilka genotyper man har.  Man analyserar SNPs

Chiasma

Punkt för överkorsning, eller ibland synonymt med överkorsning engligt kurslitteratur.

Mendelskt

Enkla, styrs av en gen.